Desde que a Native Instruments lançou o Kontakt 7, muitas funções foram movidas para lugares diferentes. A opção de Batch Resave por exemplo, só está presente na versão standalone.

Se você remove e adiciona bibliotecas com certa frequência, não importa o motivo (já que aqui não é o fórum da Native Instruments, então não vai ter nenhum mané te julgando por isso), escanear o banco de dados para manter os presets atualizados acaba sendo mais que uma utilidade, uma obrigação.

No Windows:

• Vá até a pasta AppData\Local\Native Instruments\Kontakt 7 e delete o arquivo komplete.db3;
• Quando abrir o Kontakt 7 novamente, o programa ou o plugin vai fazer a checagem de instrumentos automaticamente.

No Mac:

• Não tenho Mac.